Ketua Dewan Pembina Yayasan Trisakti telah menegaskan tidak pernah berencana mengubah Universitas Trisakti menjadi Perguruan Tinggi Negeri Berbadan Hukum (PTN-BH). Ketua Umum Badan Pengurus Yayasan Trisakti Himawan Brahmantyo mengatakan, Yayasan Trisakti adalah badan hukum penyelenggara pendidikan yang sah sejak tahun 1966.
Himawan menjelaskan bahwa munculnya isu Universitas Trisakti akan menjadi PTN-BH karena Trisakti dalam kondisi konflik dengan mantan Rektor Universitas Trisakti Prof. Thoby Mutis sejak tahun 2002. Menurut Himawan, konflik dimulai saat Prof. Thoby menjadi rektor untuk kedua kalinya setelah memimpin selama lima tahun.
Hal itu, kata Himawan, membuat Prof. Thoby dan pendukungnya membuat tindakan untuk menyingkirkan pengurus Yayasan Trisakti. Himawan menambahkan, konflik semakin diperpanjang karena pemerintah dianggap ikut turun tangan dalam permasalahan antara pengurus Yayasan Trisakti dan Prof. Thoby.
Pemerintah melalui (Kemendikbud Ristek) mengeluarkan sebuah Keputusan Menteri Dikbudristek Nomor 330/P/2022 tanggal 24 Agustus 2022 yang isinya menyebutkan Yayasan Trisakti diambil dengan menempatkan Direktur Kelembagaan Kemendikbud Ristek Lukman sebagai Ketua Pembina
Namun, Keputusan Menteri tersebut telah digugat melalui PTUN, perkara No. 407/G/2022/PTUN.JKT yang putusannya menyatakan tidak sah Keputusan Menteri Dikbudristek Nomor 330/P/2022 dan mewajibkan untuk dicabut. Setelah beberapa tahun berlalu, konflik ini kembali menguat ketika muncul informasi di laman resmi bahwa Universitas Trisakti tengah dalam proses menjadi PTN-BH.