Program Studi Teknik Sipil Universitas Khairun Ternate berdiri pada tahun 2001 berdasarkan Surat Keputusan Direktur Jendral Pendidikan Tinggi Departemen Pendidikan dan Kebudayaan Republik Indonesia Nomor: 2344/D/T/2001 tanggal 6 Juli 2001. Telah Terakreditasi A berdasarkan Keputusan BAN-PT Nomor : 2206/SK/BAN-PT/Akred/S/VIII/2018. Pendirian Program Studi Teknik Sipil Universitas Khairun Ternate berlandaskan pada kebutuhan terhadap pengembangan sumber daya manusia yang mempunyai kemampuan keahlian bidang rekayasa dan inovasi teknologi dalam rangka pengembangan daerah Maluku Utara menuju era globalisasi. Dalam perkembangannya, program studi teknik sipil telah melakukan pembaruan kurikulum sebanyak 2 (dua) kali yaitu pada tahun 2010, 2016. Dari sisi eksternal terdapat banyak tuntutan untuk lulusan yang mampu bersaing di era industri 4.0, sehingga perubahan substansi mata kuliah harus disesuaikan dengan kondisi saat ini.
Beberapa tahun terakhir ini, Program Studi Teknik Sipil sudah mengalami banyak peningkatan baik di bidang sarana-prasarana, kualitas dosen dan peningkatan mutu mahasiswa melalui proses belajar mengajar. Hal tersebut diharapkan dapat mendorong kualitas output/luaran mahasiswa yang mampu bersaing dengan Perguruan Tinggi lainnya dalam memasuki dunia kerja.
Program Studi Teknik Sipil Unkhair selain didukung oleh 22 orang staf pengajar yang sebagian besar bergelar doktor, juga ditunjang oleh laboratorium-laboratorium yang memadai sehingga memungkinkan dihasilkannya karya penelitian yang berkualitas. Program Studi Teknik Sipil Unkhair juga memiliki jalinan kerjasama yang sangat baik dengan program studi sejenis di berbagai perguruan tinggi dan juga dengan instansi pemerintah.